ต่อมาปี พ.ศ.2531 อำเภอหาดใหญ่ ได้เกิดอุทกภัยครั้งใหญ่ ส่งผลให้วัดฉื่อฉางได้รับความเสียหายอย่างมากและไม่สามารถซ่อมแซมได้ จึงได้มีมติรื้อวิหารหลังเก่าในปี พ.ศ.2534 เพื่อสร้างอุโบสถหลังใหม่ขึ้น โดยมีการวางศิลาฤกษ์เพื่อสร้างอุโบสถในปี พ.ศ.2539 เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก 4 ชั้น เป็นการออกแบบด้วยศิลปะไทย จีนและธิเบต ซึ่งภายในวัดฉื่อฉางมีทั้งพระพุทธรูปห้ามญาติ และองค์เทพที่สำคัญ เช่น องค์เจ้าแม่กวนอิมพันกร องค์เทพเจ้ากวนอู องค์ไต่เสี่ยฮุกโจ้ว ซึ่งนับว่าวัดฉื่อฉางได้มีการบูรณะออกแบบ ตกแต่งทั้งภายนอกและภายในได้อย่างวิจิตรสวยงามอย่างยิ่ง












