พระองค์ทรงศึกษาวิชาการทหารเรือ อยู่ในประเทศอังกฤษ เป็นเวลานานถึง 6 ปี จึงทรงสอบไล่ได้ตามหลักสูตรสูงสุดของโรงเรียนนายเรืออังกฤษ แล้วเสด็จกลับประเทศไทย เมื่อปี พ.ศ. 2443 ถึงเมืองไทย ในปี พ.ศ. 2449 ขณะทรงดำรงตำแหน่งเจ้ากรมยุทธศึกษาทหารเรือในสมัยนี้เอง ที่พระองค์ทรงเปลี่ยนแปลงแก้ไข และวางหลักสูตรในโรงเรียนนายเรือขึ้นใหม่ เพื่อให้ผู้ที่สำเร็จการศึกษาจากโรงเรียนนายเรือ มีความรู้ความสามารถทัดเทียมกับผู้ที่สำเร็จจากโรงเรียนนายเรือในต่างประเทศ

เมื่อครั้งพระองค์เสด็จออกจากกรุงเทพฯ เมื่อวันที่ 21 เมษายน พ.ศ. 2466 ไปสู่ตำบลปากน้ำชุมพร และประทับอยู่ที่นั่นได้ไม่นาน ก็ทรงประชวรด้วยไข้หวัดใหญ่ และเพียง 3 วันเท่านั้น ก็สิ้นพระชนม์ เมื่อวันที่ 19 พฤษภาคม พ.ศ. 2466 รวมพระชนมายุเพียง 44 พรรษา

ภายหลังจากการสิ้นพระชนม์ของพระองค์ ได้มีการจัดสร้างศาลและอนุเสาวรีย์พลเรือเอก พระเจ้าบรมวงศ์เธอ พระองค์เจ้าอาภากรเกียรติวงศ์ กรมหลวงชุมพรเขตอุดมศักดิ์ รวมทั้งสิ้น 217 แห่งทั่วประเทศไทย เช่น โรงพยาบาลชุมพร อำเภอเมือง จังหวัดชุมพร หรือที่ โรงพยาบาลสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ อำเภอสัตหีบ จังหวัดชลบุรี รวมถึงที่สวนสองทะเล หาดสมิหลา สงขลาแห่งนี้ด้วย

แม้พลเรือเอก พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงชุมพรเขตรอุดมศักดิ์ จะสิ้นพระชนม์ไปนานแค่ไหนก็ตาม ประชาชนชาวไทยยังคงเคารพในพระมหากรุณาธิคุณ ชาวสงขลาและนักท่องเที่ยวที่มาเยือนสงขลาแทบทุกคนไม่มีใครพลาดการมาสักการะอนุสาวรีย์กรมหลวงชุมพรแห่งนี้